Najstarsza wiadomość o szkole pochodzi z 1322 roku - szkoła określana była mianem "schola senatora". Otwarcia gimnazjum, które mieściło się w budynku Klasztoru Brygidek dokonano 29 września 1535 roku. Było to pierwsze w Polsce gimnazjum humanistyczne i protestanckie, a jego rektorem został Gnapheus - człowiek wybitny, literat i dramaturg. Uroczyste otwarcie szkoły nastąpiło 25 września 1599r., a w 1601 r. powstała biblioteka gimnazjalna - systematycznie wzbogacana z funduszu Rady Miejskiej. W drugiej połowie XVII wieku wskutek wojen szwedzkich następuje upadek miasta, a za nim i gimnazjum.

Mimo tego szkoła pozostaje ośrodkiem życia kulturalnego. W roku 1882 wybudowano nowy gmach dla gimnazjum i jego biblioteki, tzn. właśnie ten, w którym mieści się obecnie jego spadkobierca - II Liceum Ogólnokształcące im. Kazimierza Jagiellończyka.

Od 1999 roku w gmachu tym miesci się również Gimnazjum nr 3.